Během lekce hipoterapie je kůň veden vodičem převážně v kroku a klient je polohován a jištěn terapeutem nebo asistentem, tzn. že sám klient se na ovládání koně nepodílí. Malé děti, které nejsou schopné samostatného sedu, jsou položeny na bříško, na záda, sedí v protisměru s oporou o lokty nebo o natažené horní končetiny. Užíváme i asistovaného sedu, který umožňuje terapeutovi po dobu terapie bezprostřední kontakt s klientem a může tak manuálně pracovat na vylepšení podmínek pro stimulaci klienta (např. aktivuje zóny reflexní lokomoce). Polohy jsou vybrány terapeutem na základě jeho zkušeností a znalostí a to s cílem stimulovat pohybové dovednosti dítěte. Asistovaný sed může využívat pouze zkušený fyzioterapeut, jež má dobré jezdecké schopnosti.
Hipoterapie je nejefektivnější v kombinaci s dalšími metodami rehabilitace. Indikuje se u dětí již od 2. – 3. měsíce věku, věkový limit není podstatný, důležitějším parametrem je váha klienta a to z důvodu zajištění pohodlné a bezpečné manipulace s klientem na koni. Na hipoterapii může být doporučen kdokoli na základě písemného doporučení lékaře, samozřejmě po vyloučení možných kontraindikací.
Jednotka hipoterapie trvá v průměru 10 až 20 minut, dle zvážení terapeuta. Zahrnuje taktéž přímý kontakt s koněm (hlazení, krmení). Doporučujeme absolvovat hipoterapeutickou lekci 2x týdně, jako velmi účinným se ukázaly intenzivní pobyty, kdy klient má hipoterapii 2x denně po dobu 5-8 dní. Terapeut se vždy řídí aktuálním zdravotním stavem klienta a rehabilitačním cílem. Kůň pro klienta je vždy speciálně vybrán na základě pohybového vzoru jeho hřbetu, výšky a šířky hřbetu, a jeho charakteru.